由于饲养环境和鸡粪肥排泄方式与其他畜禽不同,养殖户习惯于露天晾晒鸡,进而导致蛆虫大量繁殖,产生臭味问题。另外,由于生鸡粪浓度高、价格低廉,农民常使用未发酵的生鸡粪作为农作物(果树)的肥料。当它与水接触时,会再次发酵并产生恶臭,形成臭味和苍蝇滋生的环境。卫生问题以及对病原菌传播的担忧也会因施肥不当而影响作物生长,导致土壤线虫的出现。因此,农民在考虑肥料分配和投入成本的同时,也须面对施用生鸡粪的不良后果。
为了减少生鸡粪对环境卫生的影响,鸡粪在施用前需要进行适当的堆肥和发酵。但传统的堆肥方法处理鸡粪,容易产生臭味,费时、费力、需要处理空间。此外,部分氮会以氨(NH3)的形式损失。农民普遍认为肥料不如生物质有效。鸡粪使用成本较高,因此其应用不如生鸡粪普及。另一方面,鸡粪堆肥时产生的臭味对附近居民影响较大。多年来,畜牧场、堆肥场成为公众的“邻避设施”,引发公众抗议和臭味事件投诉会时不时听到。